Леонард родился в южном штате (Джорджия) Соединённых Штатов Америки у супругов Каролины и Харрисона (Дэвида) МакКоев. Его детство было счастливым, до тех пор, пока его отец не потерялся в космосе вместе с командой USS "Йорктаун". Его мать умерла после этого и воспитанием юного Леонарда занялся его дедушка, Ти Джей. Именно Ти Джей, врач по профессии, повлиял на выбор жизненного пути Леонарда и тот в итоге стал медиком.

Отец Леонарда нашёлся спустя много лет, когда сам Леонард уже был практикующим врачом. Однако его отец страдал заболеванием, лекарств для которого не существовало. Леонард взял на себя заботу об отце. Когда его страдания от болезни стали невыносимыми, он попросил сына отключить его от аппаратов поддержания жизни и позволить спокойно умереть. После долгих душевных колебаний, Леонард сделал то, о чём просил его отец, несмотря на то, что этот поступок был очень сложным. Этот случай очень сильно повлиял на молодого МакКоя, поскольку шесть месяцев спустя на Альтаире 6 был разработан препарат, способный вылечить болезнь его отца. (СТ-5)

В 2266 году МакКой назначен USS Enterprise NCC-1701, он заменяет уволившегося доктора Марка Пайпера (Dr. Mark Piper). Очень часто мнение доктора не совпадает с мнением капитана Джеймс Т. Кирк, но вскоре, из просто рабочих, их отношения становятся дружескими. Через два года Леонард Маккой смертельно заболевает и подает заявление об уходе из Звездного Флота, но воремя найденное лекарство возвращает доктора на корабль.

По окончании пятилетней миссии доктор Маккой увольняется из Звездного Флота и возвращается на Землю, где открывает частную практику. Он клянется никогда не возвращаться в Звездный Флот, однако через 18 месяцев Адмирал Ногура используя статью Звездного Флота о ре-мобилизации возвращает Маккоя (успевшего отрастить бороду) в строй. Адмирал Кирк просит доктора МакКоя помочь ему проблемой Виджера (V'ger). После разрешения кризиса МакКой остается на борту корабля.

В 2285 МакКой и капитан Спок обучают молодую команду, которая будет назначена на Enterprise NCC-1701-A, когда Хан Нуньен Синг нападает на Регула 1(Regula 1). Прежде чем Спок, как того требовала ситуация, входит в машинное отделение заполненное радиацией, он оставляет свою Катру в сознании МакКоя. МакКой начинает сходить с ума (как ему кажется) и капитан Кирк, рискуя карьерой, крадет корабль и возвращается к планете Генезис, чтобы найти тело Спока.

Через несколько лет, при сопровождении миротворческой миссии Клингонской империи, когда корабль Канцлера Горкон был атакован, МакКой и Джеймс Т. Кирк пытаются спасти жизнь Канцлера Горкон. Однако это не удается и они арестованы и приговорены к пожизненному заключению в тюрьме Рура Пенте (Rura Penthe Mines). С помощью от Спокаи Enterprise NCC-1701-Aони были спасены. Доктор Маккой продолжает карьеру в следующем столетии, влияя на жизни Следующего поколения Звездного Флота.